berättelsen utspelar sig i ett ospecificerat datum, när Elizabeth Dole är President i USA. När en solflare utbrott, Tonåring Jon Kent manifesterar supermakter och lär sig av sin mor, Lois Lane, att hans far, Daily Planet reporter Clark Kent, i hemlighet var superhjälten Superman, som mystiskt försvann i ett främmande land för 15 år sedan. Jon försöker följa sin fars fotspår som den nya Superman i sin provisoriska kostym. För att ta reda på sanningen om sin fars försvinnande hjälper Jon en terroristorganisation, ledd av Pete Ross och Lana Lang, och upptäcker att hans far har hållits i en underjordisk anläggning. Jon befriar sin far från sin fångenskap, och Kent-familjen återförenas glatt. Under Supermans frånvaro har Lex Luthor tagit kontroll över Justice League liksom många andra aspekter av livet i USA. Justice League kontakt med Lex Luthor, Martian Manhunter, berättas att rekrytera Superman till ligan igen. När Superman uttrycker sitt ogillande av Pete Ross och Lana Langs terroristmetoder, säger hans son att han inte ska vara så hård mot dem och säger också att han inte är stolt över vem hans far är. Pete och Lana hittar rymdfarkosten som bar Superman till jorden och använder den för att avkoda ett Kryptoniskt meddelande som de hittade vid anläggningen där Superman hölls. Superman finner allt i Fortress of Solitude har stulits, medan Batman får reda på att Wonder Woman finansierar terroristerna. Pete Ross hotar att avslöja Lex Luthor som mannen som ansvarar för att hålla Superman fången och går med på att inte avslöja informationen i utbyte mot två hundra miljoner dollar. Förutom de två hundra miljoner dollar ger Pete Lex en av de avancerade rustningarna som terroristerna använde för sin verksamhet.en arm av män som bär rustningen, ledd av en man som verkar vara Superman, förstör Frihetsgudinnan. Justice League beordras att ta in Superman, men Batman, Superman och Jon besegrar dem med hjälp av Wonder Woman, som har övertygats av Batman att ångra sina legosoldatåtgärder. De får reda på att Luthor använde den stulna Kryptoniska tekniken och Supermans genetik för att ge sig själv supermakter, men lyckades bara få hälften av Man of Steel förmågor. På grund av sin ilska som byggts upp från alla år av att växa upp utan sin far, konfronterar Jon Luthor ensam. Jon går initialt dåligt mot Luthor, men får så småningom överhanden och Luthor besegras. Wonder Woman övertygar Lana att överlämna sig själv och Pete till myndigheterna. Martian Manhunter avslöjas ha arbetat med Luthor för att hålla Superman fången, för med Superman ur vägen var Manhunter världens mest kraftfulla och älskade hjälte. För sin del i systemet tvingas Martian Manhunter att återvända till Mars. Justice League går i pension från att bekämpa brott för att ” spendera mer tid med sina familjer.”Bruce Wayne, som inte längre donerar Cape och cowl av Batman, bestämmer sig för att springa mot President Dole i nästa val för att återställa demokratin i landet. Jon Kent etablerar äntligen ett förhållande med sin far och fortsätter sin karriär som superhjälte som bär sin fars kostym.