historia rozgrywa się w bliżej nieokreślonej dacie, kiedy Elizabeth Dole jest prezydentem Stanów Zjednoczonych. Kiedy wybucha rozbłysk słoneczny, nastolatek Jon Kent manifestuje supermoce i dowiaduje się od swojej matki, Lois Lane, że jego ojciec, dziennikarz Daily Planet Clark Kent, był potajemnie superbohaterem Supermanem, który tajemniczo zniknął w obcym kraju 15 lat temu. Jon próbuje pójść w ślady ojca jako nowy Superman w prowizorycznym kostiumie. Aby dowiedzieć się prawdy o zniknięciu ojca, Jon pomaga organizacji terrorystycznej, kierowanej przez Pete ’ a Rossa i Lanę Lang, i odkrywa, że jego ojciec był przetrzymywany w podziemnej placówce. Jon uwalnia ojca z niewoli, a rodzina Kentów radośnie się łączy. Podczas nieobecności Supermana, Lex Luthor przejął kontrolę nad Ligą Sprawiedliwości, a także wieloma innymi aspektami życia w Stanach Zjednoczonych. Łącznik Ligi Sprawiedliwości z Lexem Luthorem, marsjańskim Manhunterem, ma ponownie zwerbować Supermana do Ligi. Kiedy Superman wyraża swoją dezaprobatę dla metod terrorystycznych Pete ’ a Rossa i Lany Lang, jego syn mówi mu, aby nie był dla nich taki surowy, a także mówi, że nie jest dumny z tego, kim jest jego ojciec. Pete i Lana znajdują statek kosmiczny, który wyniósł Supermana na ziemię i używają go do odszyfrowania Kryptońskiej wiadomości, którą znaleźli w ośrodku, w którym przetrzymywano Supermana. Superman dowiaduje się, że wszystko w Twierdzy samotności zostało skradzione, podczas gdy Batman dowiaduje się, że Wonder Woman finansuje terrorystów. Pete Ross grozi ujawnieniem Lexa Luthora jako człowieka odpowiedzialnego za uwięzienie Supermana i zgadza się nie ujawniać informacji w zamian za dwieście milionów dolarów. Oprócz 200 milionów dolarów, Pete daje Lexowi jeden z zaawansowanych pancerzy, których terroryści użyli do swoich operacji.
armia ludzi w zbroi, dowodzona przez człowieka, który wydaje się być Supermanem, niszczy Statuę Wolności. Liga Sprawiedliwości otrzymuje rozkaz sprowadzenia Supermana, ale Batman, Superman i Jon pokonują ich z pomocą Wonder Woman, która została przekonana przez Batmana, aby żałował swoich czynów najemników. Dowiadują się, że Luthor wykorzystał skradzioną Kryptońską technologię i genetykę Supermana, aby dać sobie supermoce, ale udało mu się zdobyć tylko połowę zdolności człowieka ze stali. Ze względu na jego gniew narastający przez wszystkie lata dorastania bez ojca, Jon konfrontuje się z Luthorem samotnie. Jon początkowo źle radzi sobie z Luthorem, ale ostatecznie zyskuje przewagę i Luthor zostaje pokonany. Wonder Woman przekonuje Lanę, by oddała siebie i Pete ’ a władzom. Okazuje się, że marsjański Manhunter współpracował z Luthorem, aby utrzymać Supermana w niewoli, ponieważ gdy Superman zniknął z drogi, Manhunter był najpotężniejszym i ukochanym bohaterem na świecie. Marsjański Manhunter zostaje zmuszony do powrotu na Marsa. Liga Sprawiedliwości rezygnuje z walki z przestępczością, aby ” spędzać więcej czasu ze swoimi rodzinami.”Bruce Wayne, nie zakładając już peleryny i peleryny Batmana, postanawia wystartować przeciwko prezydentowi Dole’ owi w następnych wyborach, aby przywrócić demokrację w kraju. Jon Kent w końcu nawiązuje związek z ojcem i kontynuuje karierę superbohatera noszącego kostium ojca.