Het verhaal speelt zich af in een onbekende datum, wanneer Elizabeth Dole President van de Verenigde Staten is. Wanneer een zonnevlam uitbarst, manifesteert Tiener Jon Kent superkrachten en leert van zijn moeder, Lois Lane, dat zijn vader, Daily Planet reporter Clark Kent, in het geheim de superheld Superman was, die op mysterieuze wijze verdween in een vreemd land 15 jaar geleden. Jon probeert zijn vaders voetsporen te volgen als de nieuwe Superman in zijn geïmproviseerde kostuum. Om de waarheid over de verdwijning van zijn vader te achterhalen, helpt Jon een terroristische organisatie, geleid door Pete Ross en Lana Lang, en ontdekt dat zijn vader is vastgehouden in een ondergrondse faciliteit. Jon bevrijdt zijn vader uit zijn gevangenschap en de familie Kent herenigt zich met vreugde. Tijdens Superman ‘ s afwezigheid, Lex Luthor heeft de controle over de Justice League evenals vele andere aspecten van het leven in de Verenigde Staten overgenomen. De liaison van de Justice League met Lex Luthor, de Martian Manhunter, wordt verteld om Superman opnieuw in de League te rekruteren. Wanneer Superman zijn afkeuring uitspreekt over Pete Ross en Lana Lang ‘ s terroristische methoden, vertelt zijn zoon hem niet zo hard tegen hen te zijn, en zegt ook dat hij niet trots is op wie zijn vader is. Pete en Lana vinden het ruimteschip dat Superman naar de aarde bracht, en gebruiken het om een Kryptonisch bericht te decoderen dat ze vonden in de faciliteit waar Superman werd vastgehouden. Superman vindt alles in de Fortress of Solitude is gestolen, terwijl Batman ontdekt Wonder Woman is de financiering van de terroristen. Pete Ross dreigt Lex Luthor te ontmaskeren als de man die Superman gevangen houdt, en stemt ermee in om de informatie niet te onthullen in ruil voor tweehonderd miljoen dollar. Naast de 200 miljoen dollar geeft Pete Lex een van de geavanceerde pantsers die de terroristen gebruikten voor hun operaties.een leger van mannen die het harnas dragen, geleid door een man die Superman lijkt te zijn, vernietigt het Vrijheidsbeeld. De Justice League krijgt het bevel om Superman binnen te halen, maar Batman, Superman en Jon verslaan hen met de hulp van Wonder Woman, die is overtuigd door Batman om spijt te krijgen van haar huurling acties. Ze ontdekken dat Luthor de gestolen Kryptoniaanse technologie en Superman ‘ s genetica gebruikte om zichzelf superkrachten te geven, maar er slechts in slaagde om de helft van de capaciteiten van de man of Steel te verkrijgen. Door zijn woede opgebouwd uit alle jaren van opgroeien zonder zijn vader, Jon confronteert Luthor alleen. Jon doet het aanvankelijk slecht tegen Luthor, maar krijgt uiteindelijk de overhand en Luthor wordt verslagen. Wonder Woman overtuigt Lana om zichzelf en Pete over te dragen aan de autoriteiten. De Manhunter van Mars blijkt te hebben samengewerkt met Luthor om Superman gevangen te houden, want met Superman uit de weg, de Manhunter was ‘ s werelds meest krachtige en geliefde held. Voor zijn aandeel in het plan, Martian Manhunter wordt gedwongen om terug te keren naar Mars. De Justice League stopt met misdaadbestrijding om ” meer tijd door te brengen met hun familie. Bruce Wayne, die niet langer de cape en cowl van Batman draagt, besluit zich bij de volgende verkiezingen te wagen tegen president Dole om de democratie in het land te herstellen. Jon Kent begint eindelijk een relatie met zijn vader, en zet zijn carrière als superheld in het kostuum van zijn vader.