L’histoire se déroule à une date non précisée, lorsque Elizabeth Dole est présidente des États-Unis. Lorsqu’une éruption solaire éclate, l’adolescent Jon Kent manifeste des superpuissances et apprend de sa mère, Lois Lane, que son père, le journaliste du Daily Planet Clark Kent, était secrètement le super-héros Superman, qui a mystérieusement disparu dans un pays étranger il y a 15 ans. Jon tente de suivre les traces de son père en tant que nouveau Superman dans son costume de fortune. Pour découvrir la vérité sur la disparition de son père, Jon aide une organisation terroriste, dirigée par Pete Ross et Lana Lang, et découvre que son père a été détenu dans une installation souterraine. Jon libère son père de sa captivité et la famille Kent se réunit joyeusement. Pendant l’absence de Superman, Lex Luthor a pris le contrôle de la Ligue de Justice ainsi que de nombreux autres aspects de la vie aux États-Unis. La liaison de la Ligue de Justice avec Lex Luthor, le Chasseur d’Hommes Martien, est chargée de recruter à nouveau Superman dans la Ligue. Lorsque Superman exprime sa désapprobation des méthodes terroristes de Pete Ross et de Lana Lang, son fils lui dit de ne pas être si dur avec eux, et dit également qu’il n’est pas fier de qui est son père. Pete et Lana trouvent le vaisseau spatial qui a transporté Superman sur terre et l’utilisent pour décoder un message Kryptonien qu’ils ont trouvé dans l’installation où Superman était gardé. Superman trouve que tout dans la Forteresse de la Solitude a été volé, tandis que Batman découvre que Wonder Woman finance les terroristes. Pete Ross menace d’exposer Lex Luthor comme l’homme responsable de la détention de Superman en captivité, et accepte de ne pas révéler l’information en échange de deux cents millions de dollars. En plus des deux cents millions de dollars, Pete donne à Lex l’une des armures avancées que les terroristes ont utilisées pour leurs opérations.
Une armée d’hommes portant l’armure, dirigée par un homme qui semble être Superman, détruit la Statue de la Liberté. La Ligue de Justice reçoit l’ordre de faire venir Superman, mais Batman, Superman et Jon les battent avec l’aide de Wonder Woman, qui a été convaincue par Batman de regretter ses actions mercenaires. Ils découvrent que Luthor a utilisé la technologie Kryptonienne volée et la génétique de Superman pour se donner des superpouvoirs, mais n’a réussi à obtenir que la moitié des capacités de l’Homme d’acier. En raison de sa colère accumulée de toutes les années de croissance sans son père, Jon affronte Luthor seul. Jon s’en sort d’abord mal contre Luthor, mais finit par prendre le dessus et Luthor est vaincu. Wonder Woman convainc Lana de se rendre avec Pete aux autorités. Le Chasseur d’hommes Martien se révèle avoir travaillé avec Luthor pour garder Superman captif, car avec Superman à l’écart, le Chasseur d’hommes était le héros le plus puissant et le plus aimé du monde. Pour sa part dans le stratagème, Martian Manhunter est obligé de retourner sur Mars. La Ligue de justice se retire de la lutte contre le crime pour « passer plus de temps avec leurs familles. »Bruce Wayne, n’enfilant plus la cape et le capot de Batman, décide de se présenter contre le président Dole aux prochaines élections pour restaurer la démocratie dans le pays. Jon Kent établit enfin une relation avec son père, et continue sa carrière de super-héros portant le costume de son père.