Die Geschichte spielt an einem unbestimmten Datum, an dem Elizabeth Dole Präsidentin der Vereinigten Staaten ist. Als eine Sonneneruption ausbricht, manifestiert der Teenager Jon Kent Superkräfte und erfährt von seiner Mutter Lois Lane, dass sein Vater, der Daily Planet-Reporter Clark Kent, heimlich der Superheld Superman war, der vor 15 Jahren auf mysteriöse Weise in einem fremden Land verschwand. Jon versucht, in die Fußstapfen seines Vaters als neuer Superman in seinem provisorischen Kostüm zu treten. Um die Wahrheit über das Verschwinden seines Vaters herauszufinden, hilft Jon einer terroristischen Organisation, angeführt von Pete Ross und Lana Lang, und entdeckt, dass sein Vater in einer unterirdischen Einrichtung festgehalten wurde. Jon befreit seinen Vater aus seiner Gefangenschaft, und die Familie Kent freudig wieder zu vereinen. Während Supermans Abwesenheit hat Lex Luthor die Kontrolle über die Justice League sowie viele andere Aspekte des Lebens in den Vereinigten Staaten übernommen. Die Verbindung der Justice League zu Lex Luthor, dem Martian Manhunter, soll Superman erneut für die Liga rekrutieren. Als Superman seine Missbilligung der terroristischen Methoden von Pete Ross und Lana Lang äußert, Sein Sohn sagt ihm, er solle nicht so hart mit ihnen umgehen, und sagt auch, er sei nicht stolz darauf, wer sein Vater ist. Pete und Lana finden das Raumschiff, das Superman zur Erde gebracht hat, und entschlüsseln damit eine kryptonische Nachricht, die sie in der Einrichtung gefunden haben, in der Superman festgehalten wurde. Superman findet heraus, dass alles in der Festung der Einsamkeit gestohlen wurde, während Batman herausfindet, dass Wonder Woman die Terroristen finanziert. Pete Ross droht, Lex Luthor als den Mann zu entlarven, der dafür verantwortlich ist, Superman gefangen zu halten, und stimmt zu, die Informationen im Austausch für zweihundert Millionen Dollar nicht preiszugeben. Zusätzlich zu den zweihundert Millionen Dollar gibt Pete Lex eine der fortschrittlichen Rüstungen, die die Terroristen für ihre Operationen verwendeten.Eine Armee von Männern, die die Rüstung tragen, angeführt von einem Mann, der Superman zu sein scheint, zerstört die Freiheitsstatue. Die Justice League wird angewiesen, Superman zu holen, aber Batman, Superman und Jon besiegen sie mit Hilfe von Wonder Woman, die von Batman überzeugt wurde, ihre Söldneraktionen zu bereuen. Sie finden heraus, dass Luthor die gestohlene kryptonische Technologie und Supermans Genetik benutzte, um sich Superkräfte zu verleihen, aber es gelang ihm nur, die Hälfte der Fähigkeiten des Mannes aus Stahl zu erlangen. Wegen seiner Wut, die er in all den Jahren aufgebaut hat, in denen er ohne seinen Vater aufgewachsen ist, Jon konfrontiert Luthor allein. Jon schneidet zunächst schlecht gegen Luthor ab, gewinnt aber schließlich die Oberhand und Luthor wird besiegt. Wonder Woman überredet Lana, sich und Pete den Behörden zu übergeben. Der Martian Manhunter soll mit Luthor zusammengearbeitet haben, um Superman gefangen zu halten, denn mit Superman aus dem Weg, Der Manhunter war der mächtigste und beliebteste Held der Welt. Für seinen Teil an dem Plan ist Martian Manhunter gezwungen, zum Mars zurückzukehren. Die Justice League zieht sich von der Verbrechensbekämpfung zurück, um „mehr Zeit mit ihren Familien zu verbringen.“ Bruce Wayne, der nicht mehr den Umhang und die Haube von Batman trägt, beschließt, bei den nächsten Wahlen gegen Präsident Dole anzutreten, um die Demokratie im Land wiederherzustellen. Jon Kent baut schließlich eine Beziehung zu seinem Vater auf und setzt seine Karriere als Superheld im Kostüm seines Vaters fort.