historien foregår på en uspecificeret dato, hvor Elisabeth Dole er Præsident for De Forenede Stater. Når en soludbrud bryder ud, teenager Jon Kent manifesterer supermagter og lærer af sin mor, Lois Lane, at hans far, Daily Planet reporter Clark Kent, i hemmelighed var superhelt Superman, der på mystisk vis forsvandt i et fremmed land for 15 år siden. Jon forsøger at følge sin fars fodspor som den nye Superman i sit provisoriske kostume. For at finde ud af sandheden om sin fars forsvinden hjælper Jon en terrororganisation, ledet af Pete Ross og Lana Lang, og opdager, at hans far er blevet holdt i et underjordisk anlæg. Jon frigør sin far fra hans fangenskab, og Kent-familien genforenes med glæde. Under Supermans fravær har Luthor taget kontrol over Justice League såvel som mange andre aspekter af livet i USA. Han er en af de mest kendte personer i verden, og han er en af dem, der ikke er i stand til at finde ud af det. Når Superman giver udtryk for sin misbilligelse af Pete Ross og Lana langs terrormetoder, fortæller hans søn ham, at han ikke skal være så hård mod dem, og siger også, at han ikke er stolt af, hvem hans far er. Pete og Lana finder rumfartøjet, der førte Superman til jorden, og bruger det til at afkode en Kryptonisk besked, de fandt på anlægget, hvor Superman blev opbevaret. Superman finder alt i ensomhedens fæstning er blevet stjålet, mens Batman finder ud af, at Vidunderkvinden finansierer terroristerne. Pete Ross truer med at afsløre Luthor som den mand, der er ansvarlig for at holde Superman fanget, og accepterer ikke at afsløre oplysningerne til gengæld for to hundrede millioner dollars. Ud over de to hundrede millioner dollars giver Pete en af de avancerede rustninger, som terroristerne brugte til deres operationer.
en hær af mænd iført rustning, ledet af en mand, der ser ud til at være Superman, ødelægger Frihedsgudinden. Justice League beordres til at bringe Superman ind, men Batman, Superman og Jon besejrer dem ved hjælp af Vidunderkvinden, som Batman har overbevist om at fortryde sine lejesoldathandlinger. De finder ud af, at Luthor brugte den stjålne Kryptonian-teknologi og Supermans genetik til at give sig selv supermagter, men det lykkedes kun at få halvdelen af Man Of Steel ‘ s evner. På grund af sin vrede opbygget fra alle årene med at vokse op uden sin far, konfronterer Jon Luthor alene. Jon går oprindeligt dårligt mod Luthor, men vinder til sidst overhånden, og Luthor besejres. Vidunderkvinden overbeviser Lana om at overgive sig selv og Pete til myndighederne. Martian Manhunter afsløres at have arbejdet med Luthor for at holde Superman fanget, for med Superman ude af vejen var Manhunter verdens mest magtfulde og elskede helt. For sin del i ordningen er Martian Manhunter tvunget til at vende tilbage til Mars. Justice League trækker sig tilbage fra at bekæmpe kriminalitet for at “tilbringe mere tid sammen med deres familier.”Bruce ifører sig ikke længere Batmans kappe og kappe, beslutter at løbe mod præsident Dole i det næste valg for at genoprette demokratiet i landet. Jon Kent etablerer endelig et forhold til sin far og fortsætter sin karriere som superhelt iført sin fars kostume.